Руководство пользователя
Здесь вы найдете ответы на самые популярные вопросы.
Если вы не нашли ответ на интересующий вас вопрос,
напишите нам на почту
Если вы не нашли ответ на интересующий вас вопрос,
напишите нам на почту
1) Зайдите на сайт https://syntelly.ru/
2) Затем нажмите на кнопку «Sign Up»
3) Заполните все поля с персональной информацией
4) Введите инвайт-токен
2) Затем нажмите на кнопку «Sign Up»
3) Заполните все поля с персональной информацией
4) Введите инвайт-токен
Это основная база данных, публично доступный датасет, который содержит более 150 миллионов органических соединений. Основная функция модуля - поиск необходимых молекул и быстрый доступ к информации об их свойствах. Для поиска необходимо ввести в строке название молекулы в любом удобном формате: SMILES, синонимы, торговое название, код вендора, англоязычное имя в формате IUPAC, CAS-номер и кодовые обозначения из других баз данных. Светофором на карточке молекулы оценены параметры безопасности с точки зрения токсичности, физико-химических, биологических и экологических свойств.
Также осуществить поиск можно, нарисовав молекулярную структуру соединения через кнопку «Нарисовать».
Чтобы очистить фильтры (сбросить поиск), нажмите на крестик в правой части строки поиска или на белый крестик в форме прямо под строкой поиска.
Вы можете настроить масштаб карточек в отображаемом списке с помощью бегунка
Вы можете скрыть левое меню для удобства, рабочая область станет значительно больше
Чтобы увидеть подробную информацию, левой кнопкой мыши нажмите на карточку молекулы, справа появится окно с различными блоками. В первую очередь, вы увидите структурную формулу, которую можно скачать в формате png. Также для скачивания доступна PDF-страница со всеми свойствами молекулы. Далее идет блок структурных свойств, они связаны со структурной формулой молекулы. В нем содержится информация:
- Представление в формате канонических SMILES
- Формат международного химического идентификатора InChI
- InChI key
- IUPAC-имя соединения
- Химическая формула
- Молекулярный вес
Список внешних баз данных, в которых присутствует данная молекула. Ссылки активные, соответственно, вы можете перейти на страницу первоисточника
Следующий блок представляет пользователям все известные синонимы, под которыми данная молекула записана в различных химических базах данных. Если это довольно известная молекула, как в нашем случае, синонимов может быть достаточно много. По умолчанию Синтелли показывает первые 5 синонимов. Для того, чтобы увидеть все синонимы, нажмите на кнопку «Посмотреть все»
Блок биологических свойств исследуемой молекулы. Здесь реализованы модели ингибирования 5 цитохромов: CYP1A2, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, CYP3A4.
При наведении курсора система выдает всплывающие подсказки по параметрам. Localization – место, где находится наибольшее количество цитохрома. Estimate fraction of metabolized drugs – оценка метаболизируемости соединения в процентах (фармакокинетические взаимодействия лекарственных веществ, метаболизируемых конкретным изоферментом цитохрома).
При наведении курсора система выдает всплывающие подсказки по параметрам. Localization – место, где находится наибольшее количество цитохрома. Estimate fraction of metabolized drugs – оценка метаболизируемости соединения в процентах (фармакокинетические взаимодействия лекарственных веществ, метаболизируемых конкретным изоферментом цитохрома).
Обратите внимание: если есть экспериментальные значения по запрашиваемой молекуле – система выводит именно их, в данном случае рядом с параметрами видим зеленый индикатор «EXP». Если экспериментальных данных по молекуле нет – выводятся значения, вычисленные нашими предиктивными моделями, прогнозирующими свойства соединений. Это применимо для всех информационных блоков в карточке молекулы.
Блок физико-химических свойств содержит следующие параметры:
- Water Solubility – растворимость в воде
- Vapor Pressure – давление насыщенных паров
- Boiling point – температура кипения (в градусах Цельсия)
- Flash point – температура вспышки (в градусах Цельсия)
- Density – плотность (при разных давлениях / при температуре 20° С)
- Viscosity – вязкость
- Melting point – температура плавления (в градусах Цельсия)
- LogP octanol-water – коэффициент распределения соединения в системе октанол-вода
- Soluble in DMSO – качественный прогноз растворимости в диметилсульфоксиде
- Retention time – время удерживания в стандартной хроматографической системе
- Refractive Index – индекс рефракции
Изучение любого вредного вещества предусматривает установление количественных показателей его опасности и токсичности. Мы определяем токсичность по параметрам:
LD50 (median infective dose) – средняя летальная доза химического вещества, вызывающая гибель 50% животных при введении в организм; выражается в миллиграммах вещества на килограмм массы животного (мг/кг).
LDLo (lowest lethal dose) – наименьшая летальная доза, вызывающая смерть у данного вида животных. Дозировка также указывается на единицу массы тела (мг/кг).
- Developmental toxicity – эмбриотоксичность (токсичность развития)
- Mouse Intravenous – мышь, внутривенно
- Rat Oral – крыса, орально
- Rabbit Intravenous – кролик, внутривенно
- Rat Intravenous – крыса, внутривенно
- Mouse Intraperitoneal LD50 – мышь, внутрибрюшинно, LD50
- Mouse Intravenous LD50 – мышь, внутривенно, LD50
- Mouse Intraperitoneal LDLo – мышь, внутрибрюшинно, LDLo
- Rat Intraperitoneal LD50 – крыса, внутрибрюшинно, LD50
- Mouse Oral LD50 – мышь, орально, LD50
- Mouse Subcutaneous LD50 – мышь, подкожно, LD50
- Rat Subcutaneous LD50 – крыса, подкожно, LD50
- Mouse Unreported LDLo – мышь, LDLo при неизвестном пути введения
- Rat Unreported LD50 – крыса, LD50 при неизвестном пути введения
- Mouse Unreported LD50 – мышь, неизвестно, LD50
- Rat Intraperitoneal LDLo – крыса, внутрибрюшинно, LDLo
- Rabbit Skin LD50 – кролик, подкожно, LD50
- Rat Oral LD50 – крыса, орально, LD50
- Rat Oral LDLo – крыса, орально, LDLo
- Rabbit Oral LD50 – кролик, орально, LD50
- Rabbit Intravenous LD50 – кролик, внутривенно, LD50
- Rat Intravenous LD50 – крыса, внутривенно, LD50
- Mouse Oral LDLo – мышь, орально, LDLo
- Rat Skin LD50 – крыса, подкожно, LD50
- Mammal (species unspecified) Subcutaneous LD50 – млекопитающее, подкожно, LD50
- Guinea Pig Oral LD50 – морская свинка, орально, LD50
LD50 (median infective dose) – средняя летальная доза химического вещества, вызывающая гибель 50% животных при введении в организм; выражается в миллиграммах вещества на килограмм массы животного (мг/кг).
LDLo (lowest lethal dose) – наименьшая летальная доза, вызывающая смерть у данного вида животных. Дозировка также указывается на единицу массы тела (мг/кг).
Прогнозирование экологических свойств соединений по параметрам:
- Bioconcentration factor – фактор биоконцентрации.
- 40 hour Tetrahymena pyriformis IGC50 – концентрация испытуемого вещества в воде в мг/л, приводящая к 50% ингибированию роста Tetrahymena pyriformis через 40 часов.
- 48 hour Daphnia magna LC50 – модель обеспечивает количественный прогноз для Daphnia Magna LC50 (48 часов), выраженный в -log(моль/л) и преобразованный в мг/л.
Мутагенность по тесту Эймса. Он определяет мутагенную активность химических веществ путем наблюдения за тем, вызывают ли они мутации в образцах бактерий.
Оценка синтетической сложности различными прогностическими моделями. SYBA – Байесовская оценка синтетической доступности органических соединений. Complexity (SCScore: Synthetic Complexity Learned from a 12 million Reaction and predicted by neural network) – шкала Коннора Кори, где «1» означает, что соединение легко синтезируемое, а «5» - сложно синтезируемое.
Параметры сходства с лекарственными молекулами:
- Lipinski's rule of five (Правило Липински) – эмпирическое правило, разработанное Липински в 1999 году, помогающее определить, обладает ли химическое соединение нужными значениями физико-химических свойств для достижения высокой биодоступности при пероральном введении;
- Ghose Filter (Фильтр Гоуза)– фильтр, разработанный Гоузом в 1999 году, определяет диапазон значений физико-химических параметров, который отвечает распределению лекарств из базы данных Comprehensive Medicinal Chemistry;
- Oprea's Rule – правило Опреа, разработанное в 1999 году, которое разграничивает потенциальные лекарственные молекулы от нелекарственных молекул;
- Veber's Rule (Правило вебера) – правило о важных физико-химических параметрах для достижения высокой биодоступности при пероральном введении, разработанное в 2002 году Вебером в результате анализа 1100 кандидатов в лекарства;
- QED (quantitative estimate of drug-likeness) – количественная оценка сходства с лекарственными средствами;
- Topological polar surface area (including sulphur and phosphorus) – топологическая площадь полярной поверхности (с учетом атомов серы и фосфора);
- PAINS (pan-assay interference compounds) – фильтр по известным химическим структурам, которые часто дают ложноположительные результаты при высокопроизводительном скрининге.
Доступные реакции химического синтеза, в составе которых встречается данная молекула в любом качестве: растворителя, реагента, агента, продукта, катализатора. В будущем этот раздел будет переработан в отдельную вкладку поиска по реакциям.
Недавно мы переименовали модуль “Индивидуальный режим” в молекулярный редактор. В любом случае это самый удобный вариант для просмотра свойств определенной молекулы, которой нет в базе данных Синтелли.
Также этот модуль может быть использован для структурного поиска соединений. Если соединение имеется в нашей базе, вы увидите либо кросс-ссылки на другие базы, из которых была взята данная информация, либо синонимы, под которыми данное соединение уже было известно. Здесь также можно ввести структуру с помощью SMILES, через графический редактор и с помощью поисковой строки.
В выпадающем списке появятся подсказки, выберите необходимую молекулу и нажмите «Calculate».
Полная информация о молекуле будет представлена в широком формате.
Также этот модуль может быть использован для структурного поиска соединений. Если соединение имеется в нашей базе, вы увидите либо кросс-ссылки на другие базы, из которых была взята данная информация, либо синонимы, под которыми данное соединение уже было известно. Здесь также можно ввести структуру с помощью SMILES, через графический редактор и с помощью поисковой строки.
В выпадающем списке появятся подсказки, выберите необходимую молекулу и нажмите «Calculate».
Полная информация о молекуле будет представлена в широком формате.
Раздел для работы с вашими собственными датасетами. Здесь можно создавать, объединять и экспортировать личные молекулярные базы данных. Чтобы создать новый сет, нажмите на «+» рядом с надписью «Create set». Далее введите название и описание.
Доступна загрузка данных из файлов в форматах SDF, CSV, SMI. Можно вводить молекулы по одной через SMILES, искать названия по синонимам либо нарисовать молекулярную структуру.
Когда ваш датасет создан и в него добавлены все необходимые молекулы, его нужно просчитать, чтобы были видны все свойства. Для этого нажмите на кнопку «Calculate set».
Чтобы удалить датасет, кликните по нему правой кнопкой мыши – появится выделение по контуру красным цветом – и затем нажмите на «Delete Set» с корзинкой.
Чтобы объединить 2 датасета, последовательно кликните по каждому правой кнопкой мыши и нажмите на кнопку «Merge sets».
Можно перемещать молекулы из одного датасета в другой. Для этого зажмите Shift и правой кнопкой мыши выберите молекулу, которую хотите перенести. Далее нажмите на «Move to another set». В выпадающем списке выберите датасет, в который вы хотите перенести молекулу.
Чтобы экспортировать датасет, выберите его. Появится выделение красным контуром, нажмите на «Export set». Доступно 2 самых распространенных формата: CSV, SDF.
Доступна загрузка данных из файлов в форматах SDF, CSV, SMI. Можно вводить молекулы по одной через SMILES, искать названия по синонимам либо нарисовать молекулярную структуру.
Когда ваш датасет создан и в него добавлены все необходимые молекулы, его нужно просчитать, чтобы были видны все свойства. Для этого нажмите на кнопку «Calculate set».
Чтобы удалить датасет, кликните по нему правой кнопкой мыши – появится выделение по контуру красным цветом – и затем нажмите на «Delete Set» с корзинкой.
Чтобы объединить 2 датасета, последовательно кликните по каждому правой кнопкой мыши и нажмите на кнопку «Merge sets».
Можно перемещать молекулы из одного датасета в другой. Для этого зажмите Shift и правой кнопкой мыши выберите молекулу, которую хотите перенести. Далее нажмите на «Move to another set». В выпадающем списке выберите датасет, в который вы хотите перенести молекулу.
Чтобы экспортировать датасет, выберите его. Появится выделение красным контуром, нажмите на «Export set». Доступно 2 самых распространенных формата: CSV, SDF.
Этот модуль Syntelly позволяет получить быстрое и наглядное представление об основных группах химических соединений, которые есть в датасете. Модель производит проецирование структур химических соединений в координаты X и Y на двумерную плоскость. Сами по себе координаты не несут физического смысла, однако модель настроена таким образом, что структурно близкие соединения оказываются рядом.
В итоге вы получаете карту распределения химических соединений, где можно увидеть знакомые кластеры: кластер простых линейных алифатических соединений, кластер стероидов, бисфенилов, психоактивных веществ и т.п. Также данный модуль взаимодействует с генератором химических структур. Для начала работы с разделом загрузите соединения из заранее подготовленных датасетов через кнопку «+» в блоке «Layers».
Затем вы увидите список всех ваших сетов из раздела «Molecules». Выберите необходимый датасет и нажмите на кнопку «Choose».
Загрузка больших датасетов занимает некоторое время. Если вы хотите убедиться в том, что она все-таки идет, обратите внимание на блок «Layers» в правом верхнем углу, там появится название датасета и индикатор загрузки. По окончании загрузки вы увидите на карте все молекулы.
Каждая точка на этой карте – это определенная структура, при наведении на точку – вы увидите карточку этой структуры. Прокруткой колеса мыши, либо с помощью кнопок увеличения масштаба, можно приблизить или отдалить определенные участки карты.
Для того, чтобы вернуться в первоначальное состояние карты (по умолчанию) – нажмите на кнопку autoscale.
По карте можно легко определить: какие основные классы соединений преобладают в этом датасете. Например, в нижней части по центру находится сгущение близких по свойствам молекул. Вы можете увидеть структуру каждой, наведя на нее курсор. В нашем случае в этой области расположены простые молекулы.
Вы можете выделить на карте отдельные группы молекул и также экспортировать их в отдельный датасет. Для этого выделите левой кнопкой мыши пространство, в котором они расположены. Под блоком «Layers» появляется дополнительное окно «Selected». Здесь можно увидеть общее количество молекул, попавших в выбранную область и их структурные формулы. На этом этапе можно двигать границы выбранной области, убеждаясь в том, что вы захватили необходимые молекулы. Максимально возможное количество молекул для выделения – 50 000. Для отмены выделения кликните дважды левой кнопкой мыши за границами выделенной области. Для сохранения нажмите на «дискету.
Выделенные молекулы можно добавить в уже существующий набор, либо создать новую корзину для них. Сохраненный сет можно найти в разделе «Datasets».
Для выделения молекул также можно использовать инструмент «Lasso».
При помощи молекулярной карты можно не только анализировать один датасет, но и сравнивать химические датасеты друг с другом, накладывая их на карту различными слоями. Для этого добавьте на карту второй сет с помощью того же знака «+» в блоке «Layers».
В итоге вы получаете карту распределения химических соединений, где можно увидеть знакомые кластеры: кластер простых линейных алифатических соединений, кластер стероидов, бисфенилов, психоактивных веществ и т.п. Также данный модуль взаимодействует с генератором химических структур. Для начала работы с разделом загрузите соединения из заранее подготовленных датасетов через кнопку «+» в блоке «Layers».
Затем вы увидите список всех ваших сетов из раздела «Molecules». Выберите необходимый датасет и нажмите на кнопку «Choose».
Загрузка больших датасетов занимает некоторое время. Если вы хотите убедиться в том, что она все-таки идет, обратите внимание на блок «Layers» в правом верхнем углу, там появится название датасета и индикатор загрузки. По окончании загрузки вы увидите на карте все молекулы.
Каждая точка на этой карте – это определенная структура, при наведении на точку – вы увидите карточку этой структуры. Прокруткой колеса мыши, либо с помощью кнопок увеличения масштаба, можно приблизить или отдалить определенные участки карты.
Для того, чтобы вернуться в первоначальное состояние карты (по умолчанию) – нажмите на кнопку autoscale.
По карте можно легко определить: какие основные классы соединений преобладают в этом датасете. Например, в нижней части по центру находится сгущение близких по свойствам молекул. Вы можете увидеть структуру каждой, наведя на нее курсор. В нашем случае в этой области расположены простые молекулы.
Вы можете выделить на карте отдельные группы молекул и также экспортировать их в отдельный датасет. Для этого выделите левой кнопкой мыши пространство, в котором они расположены. Под блоком «Layers» появляется дополнительное окно «Selected». Здесь можно увидеть общее количество молекул, попавших в выбранную область и их структурные формулы. На этом этапе можно двигать границы выбранной области, убеждаясь в том, что вы захватили необходимые молекулы. Максимально возможное количество молекул для выделения – 50 000. Для отмены выделения кликните дважды левой кнопкой мыши за границами выделенной области. Для сохранения нажмите на «дискету.
Выделенные молекулы можно добавить в уже существующий набор, либо создать новую корзину для них. Сохраненный сет можно найти в разделе «Datasets».
Для выделения молекул также можно использовать инструмент «Lasso».
При помощи молекулярной карты можно не только анализировать один датасет, но и сравнивать химические датасеты друг с другом, накладывая их на карту различными слоями. Для этого добавьте на карту второй сет с помощью того же знака «+» в блоке «Layers».
Еще одна интересная опция SynMap. Чтобы сгенерировать новые соединения, нажмите на «+» в блоке «Generators». В открывшемся окне можно задать:
Ползунок в правой части рабочей области отвечает за степень качественного соответствия сгенерированного массива молекул заданным условиям при генерации.
Если score равен 1 (ползунок максимально вправо) будет сгенерирован массив соединений с меньшим количеством молекул, но максимально точно отвечающий запросу.
Например, при генерации соединений с низкой токсичностью при score, равном 1, на карте останутся молекулы с самой низкой токсичностью.
Чем ближе этот показатель к 0 (левому краю ползунка), тем больше сгенерированных вариантов мы видим на карте, но они с меньшей точностью соответствуют заданному запросу. Итого: у нас есть шкала от 0 до 1, где «0» — очень плохо, а «1» — идеальное совпадение.
Сгенерированные молекулы также можно экспортировать в отдельный сет, чтобы продолжить работу над ними в другом месте. Для этого нажмите на «дискету». Платформа предложит вам создать новый датасет из сгенерированных молекул либо добавить их в существующий. Далее нажмите на «Choose».
Если сет появился, а молекул в нем нет - нажмите на кнопку «Refresh status»
Если вы хотите поменять автоматически созданное название, кликните на «карандаш». Это опция редактуры.
- название для этой генерации
- родительскую связь (для повторных генераций)
- количество эпох (количество попыток системы придумать новую молекулу; увеличивая количество эпох мы даем нейронной сети больше времени что-либо придумать + косвенно это влияет на качество генерации, чем больше эпох - тем больше вариантов, но стоит учесть, что пропорционально увеличится и время, которое будет затрачено на генерацию)
- Параметры генерации доступные на сегодняшний день: Mmap (определенная область карты), QED, Brutto, Boiling Point, Melting Point, Mouse Oral LD50, ALogP, LogS, DMSO Solubility, Complexity, SYBA
Ползунок в правой части рабочей области отвечает за степень качественного соответствия сгенерированного массива молекул заданным условиям при генерации.
Если score равен 1 (ползунок максимально вправо) будет сгенерирован массив соединений с меньшим количеством молекул, но максимально точно отвечающий запросу.
Например, при генерации соединений с низкой токсичностью при score, равном 1, на карте останутся молекулы с самой низкой токсичностью.
Чем ближе этот показатель к 0 (левому краю ползунка), тем больше сгенерированных вариантов мы видим на карте, но они с меньшей точностью соответствуют заданному запросу. Итого: у нас есть шкала от 0 до 1, где «0» — очень плохо, а «1» — идеальное совпадение.
Сгенерированные молекулы также можно экспортировать в отдельный сет, чтобы продолжить работу над ними в другом месте. Для этого нажмите на «дискету». Платформа предложит вам создать новый датасет из сгенерированных молекул либо добавить их в существующий. Далее нажмите на «Choose».
Если сет появился, а молекул в нем нет - нажмите на кнопку «Refresh status»
Если вы хотите поменять автоматически созданное название, кликните на «карандаш». Это опция редактуры.
Обратите внимание: раздел экспериментальный! Он посвящен планированию синтеза химических соединений и предсказанию путей химических превращений. В этом блоке можно выделить 2 основные опции:
Разберем первую опцию «Синтез». Первоначально нужно добавить молекулы. Для этого нажмите на бокс с плюсом «Click to add molecule».
Доступно 3 способа ввода: SMILES, графический редактор и поиск по синонимам.
Чтобы смоделировать исход реакции, нужно добавить по меньшей мере 2 молекулы.
Если молекула введена корректно - в окне графического редактора нажимаем «Save». Далее можем свериться по SMILES и если все ок – нажимаем на «Upload».
После ввода молекул – нажмите на «Update prediction».
В позициях с значением меньше 0.96 вы можете увидеть неожиданные результаты, порой модель генерирует даже алхимические преобразования. Это не баг, это особенности нейросети типа Transformer.
- Synthesis – прогнозируем возможные продукты реакции на основе реагентов, вступающих в нее.
- Retro Synthesis – узнаем у модели, как получить запрашиваемое соединение. На данный момент доступен одностадийный прогноз, в будущем мы планируем доработать эту опцию до полноценного блока ретро синтетического анализа.
Разберем первую опцию «Синтез». Первоначально нужно добавить молекулы. Для этого нажмите на бокс с плюсом «Click to add molecule».
Доступно 3 способа ввода: SMILES, графический редактор и поиск по синонимам.
Чтобы смоделировать исход реакции, нужно добавить по меньшей мере 2 молекулы.
Если молекула введена корректно - в окне графического редактора нажимаем «Save». Далее можем свериться по SMILES и если все ок – нажимаем на «Upload».
После ввода молекул – нажмите на «Update prediction».
В позициях с значением меньше 0.96 вы можете увидеть неожиданные результаты, порой модель генерирует даже алхимические преобразования. Это не баг, это особенности нейросети типа Transformer.
Алгоритм оптического распознавания молекул. Это инструмент автоматического распознавания химической документации: патентов, научных статей, протоколов испытаний, диссертаций и т.п.
Модуль обеспечивает оптическое распознавание структур химических соединений и структур Маркуша. На данный момент алгоритм хорошо распознает молекулы, но не очень хорошо проходит детекция границ молекул. В ближайшем будущем планируется, что вы сможете загрузить сюда статью в формате pdf, распознать в ней все молекулы и экспортировать их.
Модуль обеспечивает оптическое распознавание структур химических соединений и структур Маркуша. На данный момент алгоритм хорошо распознает молекулы, но не очень хорошо проходит детекция границ молекул. В ближайшем будущем планируется, что вы сможете загрузить сюда статью в формате pdf, распознать в ней все молекулы и экспортировать их.
Это методы количественного предсказания и описания связи структуры с биологической активностью. Здесь представлены статистические параметры наших моделей.
По всем вопросам свяжитесь с нами любым удобным способом:
admin@syntelly.com
hr@syntelly.com
YouTube | Telegram | VKontakte
admin@syntelly.com
hr@syntelly.com
YouTube | Telegram | VKontakte
© 2023 ООО «Синтелли»
МЕНЮ
МОДУЛИ
КОНТАКТЫ
admin@syntelly.com
hr@syntelly.com
hr@syntelly.com
