Creativity is to discover a question that has never been asked. If one brings up an idiosyncratic question, the answer he gives will necessarily be unique as well.
June 21, 2020
July 20, 2021
November 3, 2021
January 11, 2022
March 8, 2022
June 2, 2022
Наши публикации
Навигация в химическом пространстве. Анализ кластеров биоактивных соединений. Генерация новых соединений с заданными свойствами.
SynMap 2D / 3D
Прогнозирование спектров: тандемная маcс-спектрометрия (QToF-MS/MS), инфракрасная спектроскопия и ядерный магнитный резонанс по ядрам 1H, 13C, 15N, 19F.
Спектры
Сбор и хранение собственных наборов химических данных. Импорт и экспорт доступен в самых распространенных форматах: SDF, CSV, SMI. Также на платформе доступны наборы тематических датасетов по молекулярным мишеням и терапевтическим индикациям
Датасеты
Предсказание реакций
Прогнозирование возможных продуктов химических реакций и поиск реакций для синтеза искомой молекулы на основе нейросетевой модели
Прогнозирование свойств
Оценка соединений с помощью моделей для прогнозирования физико-химических, токсикологических и биологических свойств органических соединений
1 Регистрация

Для регистрации в системе перейдите по ссылке https://app.syntelly.com/ и нажмите кнопку «Зарегистрироваться».
Прогнозирование свойств
Оценка соединений с помощью моделей для прогнозирования физико-химических, токсикологических и биологических свойств органических соединений
На появившейся странице введите адрес электронной почты, имя, организацию и должность, придумайте пароль для входа в Систему и введите инвайт-токен (получить инвайт-токен можно, написав на почту admin@syntelly.com):
Для завершения регистрации нажмите «Зарегистрироваться».
2 Вход в систему


Для входа в систему перейдите по ссылке https://app.syntelly.com/, введите адрес электронной почты, пароль и нажмите кнопку «Войти»:
После входа отображается раздел «Поиск»:
В меню слева можно выбрать раздел для работы, язык (русский или английский), открыть личный кабинет пользователя. Чтобы скрыть меню, нажмите кнопку.

В правом нижнем углу при открытии страницы возникают всплывающие подсказки по работе с Системой. Закрыть подсказку можно, нажав на крестик.
Также в правом нижнем углу по клику открывается форма обратной связи для отправки письма в техническую поддержку компании Синтелли.
3 Раздел «Поиск»



В этом разделе реализован доступ к основной базе данных, содержащей органические соединения, реакции, а также ссылки на публикации по химической тематике.
Чтобы открыть раздел, в панели слева нажмите «Поиск».
3.1 Поиск по структурам (молекулам)



Молекулы можно искать двумя способами:

  • В поисковой строке можно ввести название молекулы в любом удобном формате (SMILES, синонимы, торговое название, код поставщика, название по номенклатуре IUPAC, CAS-номер и кодовые обозначения из других баз данных) и нажать Enter или значок поиска.
  • В молекулярном редакторе нарисовать структурную формулу молекулы. Для этого нажмите кнопку «Нарисовать». В открывшемся окне редактора нарисуйте молекулу и нажмите «Сохранить»:
После этого запустите поиск, нажав Enter или значок поиска.
Дополнительно можно установить следующие параметры поиска в панели «Фильтры» (панель автоматически отображается после первого поиска):
  • «Тип соответствия» — фильтр используется для нахождения структур по соответствию заданной молекуле:
○ «Точное совпадение» (найденная молекула должна полностью соответствовать заданной структуре),
○ «Подструктурный поиск» (проводится поиск молекул, содержащих нарисованный фрагмент),
○ «Похожие структуры» (выполняется поиск по молекулярному подобию);
  • «Подобие, %» — этот ползунок устанавливает пороги молекулярного подобия. Молекулярное подобие рассчитывается по методу Танимото на основе фингерпринтов ECFP. Перемещение ползунка изменяет числовое значение порога молекулярного подобия. Это значение определяет, насколько близко молекула должна соответствовать заданным критериям, чтобы считаться "похожей".
Для удаления всех настроенных параметров нажмите «Очистить все фильтры».

Подсказки:
➢ Чтобы очистить поисковую строку, нажмите на крестик в правой части поисковой строки
➢ При необходимости изменить молекулу нажмите кнопку
3.1.1 Работа с найденными молекулами




Вы можете настроить масштаб карточек в отображаемом списке найденных молекул с помощью бегунка:
Для каждой карточки отображается:
  • ID молекулы в базе данных Синтелли;
  • Структурная формула молекулы;
  • Параметры безопасности молекулы с точки зрения токсичности («Tox»), физико-химических («Phys»), биологических («Bio») и экологических («Eco») свойств:
Красный - молекула с высокими показателями опасности;
Зеленый - молекула с низкими показателями опасности;
Желтый - молекула со средними показателями опасности;
  • «Литература» — ссылка на список документов, в которых встречается данное соединение;
  • «Реакции» — ссылка на реакции, в которых участвует конкретное соединение.

Система позволяет:
  • быстро скопировать SMILES;
  • скопировать ссылку на карточку;
  • открыть молекулу в молекулярном редакторе;
  • скачать изображение структуры в формате .png;
  • добавить молекулу в другой датасет.
Для выполнения нужного действия нажмите кнопку
в правом верхнем углу карточки и выберите соответствующую команду:
Чтобы посмотреть подробную информацию по молекуле, но не открывать ее на новой странице, нажмите на карточке кнопку :
Отображается карточка с информацией для предпросмотра:
Для просмотра молекулы на новой (отдельной) странице левой кнопкой мыши нажмите на карточку молекулы. Появится новая страница с различными информационными блоками:
Структуру молекулы можно сохранить в файл формата .png или mol. Также структуру молекулы и ее свойства можно сохранить в файл формата .pdf.
Чтобы скопировать ссылку на карточку молекулы, нажмите «Скопировать ссылку».
3.1.2 Рассчитываемые свойства молекул
Все рассчитываемые свойства молекул содержатся в блоках, описанных ниже.
Чтобы открыть свойства, в левом меню нажмите «Поиск» или «Датасеты», выберите молекулу и нажмите на нее левой кнопкой мыши.

Обратите внимание, что если в базе данных есть экспериментальные значения по запрашиваемой молекуле, система выводит именно их, при этом рядом с параметрами отображается зеленый индикатор «EXP». Если экспериментальных данных по молекуле нет, то выводятся прогнозные значения. Это применимо для всех информационных блоков в карточке молекулы.
3.1.2.1 Структурные данные

Блок содержит информацию о структуре молекулы:

  • Представление в формате канонических SMILES;
  • Формат международного химического идентификатора InChI;
  • InChI-ключ;
  • Название по номенклатуре IUPAC;
  • Брутто-формула;
  • Молекулярный вес.
3.1.2.2 Внешние БД

Блок отображается, если для молекулы есть ссылки на внешние базы данных!
Блок содержит список внешних баз данных, в которых присутствует молекула. По ссылкам можно перейти на страницу первоисточника.
3.1.2.3 Синонимы


Блок содержит все известные команде Синтелли синонимы, по которым молекула находится в различных химических базах данных.
3.1.2.4 Физико-химические свойства



Блок содержит физико-химические свойства выбранной молекулы:
1.Water Solubility – растворимость в воде
2.Vapor Pressure – давление насыщенных паров
3.Boiling point – температура кипения (в градусах Цельсия)
4.Flash point – температура вспышки (в градусах Цельсия)
5.Density – плотность
6.Viscosity – вязкость
7.Melting point – температура плавления (в градусах Цельсия)
8.LogP octanol-water – коэффициент распределения соединения в системе октанол-вода
9.Soluble in DMSO – качественный прогноз растворимости в диметилсульфоксиде
10.Retention time – время удерживания в стандартной хроматографической системе
Условия
11.Refractive Index – индекс рефракции

3.1.2.5 Биологическая активность




Блок содержит прогноз биологической активности молекулы. В нём доступны модели для расчёта эффективности ингибирования пяти цитохромов: CYP1A2, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, CYP3A4.
Цитохромы P450 — ключевые ферменты, катализирующие метаболизм (окисление) ксенобиотиков в организме. Биологическая функция цитохромов P450 заключается в удалении из организма токсичных соединений. Ингибиторы цитохромов могут стимулировать нежелательные побочные эффекты и приводить к накоплению токсичных соединений в организме. Прогноз ингибирования цитохромов P450 позволяет оценивать метаболизм изучаемых соединений, их безопасность и возможные взаимодействия с другими препаратами.

При наведении курсора на название цитохрома система отображает всплывающие подсказки по следующим параметрам:
  • «Localization» – прогноз органа, где молекулы будут наиболее активны или будут наиболее сконцентрированы;
  • «Estimate fraction of metabolized drugs» – предсказание, сколько процентов лекарственного вещества по статистике метаболизируется этим ферментом.
Также блок прогнозирует следующие свойства выбранной молекулы:

1.Проницаемость через ГЭБ
2.Aromatase
3.Estrogen Receptor Alpha, full length
4.Androgen Receptor, full length
5.Aryl Hydrocarbon Receptor
6.PPAR-gamma
7.Androgen Receptor Ligand-Binding Domain
8.Estrogen Receptor Ligand-Binding Domain
9.p53
10.ATAD5
11.Mitochondrial Membrane Potential
12.SR-ARE (Antioxidant Response Element)
13.Heat Shock Factor Response Element
3.1.2.6 Токсичность





Блок содержит прогнозы опасности и токсичности соединения.
Показатели токсичности разделены на две группы:
  1. Модели летальной дозы
  2. Модели общий токсичности

В рамках первой группы для разных видов животных прогнозируются следующие показатели:
LD50 (median lethal dose) – средняя летальная доза химического вещества, вызывающая гибель 50% животных при введении в организм; выражается в миллиграммах вещества на килограмм массы животного (мг/кг).

LDLo (lowest lethal dose) – наименьшая летальная доза, вызывающая смерть у данного вида животных. Дозировка также указывается на единицу массы тела (мг/кг).

  1. Мышь перорально LD50 (Mouse Oral LD50)
  2. Мышь внутривенно LD50 (Mouse Intravenous LD50)
  3. Мышь интраперитонеально LD50 (Mouse Intraperitoneal LD50)
  4. Мышь интраперитонеально LDLo (Mouse Intraperitoneal LDLo)
  5. Кожа мыши LD50 (Mouse Skin LD50) — смертельная доза при нанесении вещества на кожу мышей;
  6. Мышь подкожно LD50 (Mouse Subcutaneous LD50)
  7. Мышь внутримышечно LD50 (Mouse Intramuscular LD50)
  8. Крыса перорально LD50 (Rat Oral LD50)
  9. Крыса перорально LDLo (Rat Oral LDLo)
  10. Крыса внутривенно LD50 (Rat Intravenous LD50)
  11. Крыса интраперитонеально LD50 (Rat Intraperitoneal LD50)
  12. Крыса накожно LD50 (Rat Skin LD50)
  13. Крыса подкожно LD50 (Rat Subcutaneous LD50)
  14. Крыса интраперитонеально LDLo (Rat Intraperitoneal LDLo)
  15. Гвинейская свинья интраперитонеально LD50 (Guinea Pig Oral LD50)
  16. Гвинейская свинья интраперитонеально LD50 (Guinea Pig Intraperitoneal LD50)
  17. Кролик перорально LD50 (Rabbit Oral LD50)
  18. Кролик внутривенно LD50 (Rabbit Intravenous LD50)
  19. Кролик внутривенно LDLo (Rabbit Intravenous LDLo)
  20. Кролик накожно LD50 (Rabbit Skin LD50)
  21. Собака перорально LD50 (Dog Oral LD50)
  22. Собака внутривенно LDLo (Dog Intravenous LDLo)
  23. Собака внутривенно LD50 (Dog Intravenous LD50)
  24. Кошка внутривенно LD50 (Cat Intravenous LD50)
  25. Перепел перорально LD50 (Quail Oral LD50)
  26. Птица дикая перорально LD50 (Bird Wild Oral LD50)
  27. Курица перорально LD50 (Chicken Oral LD50)

Вторая группа прогнозируемых свойств токсичности состоит из параметров:
  1. Избирательная токсичность для определенного органа или системы при однократном воздействии (Selective Target-organ Or System Toxicity Single Exposure)
  2. Острая токсичность при проглатывании (Acute Toxicity Swallowed (ГОСТ - 56957-2016))
  3. Разъедание глаз (Eye Corrosion)
  4. Раздражение глаз (Eye Irritation)
  5. Тератогенность (Developmental Toxicity)
  6. Репродуктивная токсичность (Reproductive Toxicity)
  7. Кардиотоксичность (Cardiotoxicity)
  8. Гепатотоксичность (Hepatotoxicity)
  9. Канцерогенность (Carcinogenicity)
  10. DILI (Drug-Induced Liver Injury)
  11. Тест Эймса
3.1.2.7 Экологические свойства





Блок отображает экологические свойства соединений по нескольким параметрам.
В системе рассчитываются следующие параметры:

  1. 40 часовой Tetrahymena pyriformis IGC50 – концентрация испытуемого вещества в воде в мг/л, приводящая к 50% ингибированию роста Tetrahymena pyriformis через 40 часов.
  2. Биоконцентрационный фактор
  3. 48 hour Daphnia magna LC50 – модель обеспечивает количественный прогноз для Daphnia Magna LC50 (48 часов), выраженный в -log(моль/л) и преобразованный в мг/л.
  4. «96 часов Fathead Minnow LC50» — концентрация вещества, при которой ожидается гибель 50% популяции Fathead Minnow (вида пресноводных рыб) за 96 часов. Это важный показатель токсичности вещества для рыб, и помогает оценить риски для водных экосистем.
  5. Acute Aquatic Toxicity (ГОСТ 57455 от 2017 г.)
3.1.2.8 Оценка сложности синтеза






В этом блоке приводится оценка синтетической сложности на основе различных прогностических моделей.
1. «SYBA» — Байесовская оценка синтетической доступности органических соединений.
2. «Complexity (SCScore: Synthetic Complexity Learned from a 12 million Reaction and predicted by neural network)»– шкала Коннора Коли, где «1» означает, что соединение легко синтезируемое, а «5» - сложно синтезируемое.
3.1.2.9 Сходство с лекарственными препаратами






В данном блоке отображаются параметры сходства с лекарственными молекулами.
  1. Lipinski's rule of five (Правило Липински) – эмпирическое правило, разработанное Липински в 1999 году, помогающее определить, обладает ли химическое соединение нужными значениями физико-химических свойств для достижения высокой биодоступности при пероральном введении;
  2. Ghose Filter (Фильтр Гоуза) – фильтр, разработанный Гоузом в 1999 году, определяет диапазон значений физико-химических параметров, который отвечает распределению лекарств из базы данных Comprehensive Medicinal Chemistry;
  3. Oprea's Rule – правило Опреа, разработанное в 1999 году, которое разграничивает потенциальные лекарственные молекулы от нелекарственных молекул;
  4. Veber's Rule (Правило вебера) – правило о важных физико-химических параметрах для достижения высокой биодоступности при пероральном введении, разработанное в 2002 году Вебером в результате анализа 1100 кандидатов в лекарства;
  5. QED (quantitative estimate of drug-likeness) – количественная оценка сходства с лекарственными средствами;
  6. PAINS (pan-assay interference compounds) – фильтр по известным химическим структурам, которые часто дают ложноположительные результаты при высокопроизводительном скрининге.
3.2 Применимость моделей







Для моделей, которые предсказывают биологические, физико-химические, токсикологические, экологические свойства можно включить отображение уровня применимости модели к конкретной, просматриваемой молекуле.
Чтобы отобразить применимость модели, переключите одноименный переключатель, расположенный в правом верхнем углу, на карточке молекулы.
При включении переключателя напротив каждого свойства отображается процент применимости модели к молекуле:

● Если показатель от 0 до 20% - низкая надежность прогнозирования. В тренировочных данных модели было мало молекул, подобных выбранной
● 20-50% Средняя надежность прогнозирования
● 50-100% Высокая надежность прогнозирования
● “Not applicable” модель не может быть применена для прогнозирования свойств этой молекулы
3.3 Поиск по реакциям








В данном разделе можно осуществлять поиск реакций по реактанту, реагенту или итоговому продукту реакции.
Чтобы открыть раздел, в меню слева выберите «Поиск» и нажмите вкладку «По реакциям».
Молекулярные структуры (реагент, реактант или итоговый продукт) можно искать двумя способами:
● В поисковой строке можно ввести название молекулы в любом удобном формате: SMILES, синонимы, торговое название, код вендора, название в формате IUPAC, CAS-номер и кодовые обозначения из других баз данных.
–ИЛИ–

● В молекулярном редакторе нарисовать структурную формулу молекулы. Для это нажмите кнопку «Нарисовать», в появившемся окне нарисуйте молекулу и нажмите «Сохранить».

Дополнительно можно установить следующие параметры поиска в панели «Фильтры» (панель автоматически появляется после первого поиска реакций):
● «Тип соответствия» — фильтр используется для нахождения структур по соответствию молекуле. Например, можно искать точное соответствие структуре или выполнять подструктурный поиск.
● «Роль вещества» — фильтр используется для поиска реакции по роли веществ в реакции, например, можно искать реакции, в которых определенное соединение является продуктом, ректантом или реагентом.
● «Выход, %» — фильтр используется для поиска реакции с определенным процентом выхода продукта.
Для удаления всех настроенных параметров нажмите «Очистить все фильтры».
В результате система отображает список реакций, подходящий под условия запроса.
Полученные реакции можно отсортировать по релевантности, дате публикации, выходу реакции и количеству шагов.
При клике на карточку реакции ее можно открыть в отдельном окне и просмотреть подробную информацию:
3.4 Поиск по литературе









В данном разделе можно осуществлять поиск по научной химической литературе, собранной в базе данных Синтелли.
Чтобы открыть данный раздел, в меню слева выберите «Поиск», далее откройте вкладку «По литературе».
Обратите внимание!
  1. Если в поисковую строку введен какой-либо идентификатор молекулы (SMILES, IUPAC или CAS номер) то будет осуществлен поиск этого соединения в литературе. Также для выполнения поиска по структуре в документах искомое соединение может быть задано через молекулярный редактор:
2. Если в поисковую строку введен текст, то будет осуществлен поиск соответствующего текста в заголовках и аннотациях документов.

Чтобы сразу уточнить поисковый запрос ограничивающими условиями, такие как:
● Авторы,
● DOI,
● Номер патента,
● Аннотация
● Наименование журнала
● Издатель
● Язык
● Дата публикации,
Нажмите “ Добавить условие” под поисковой строкой
Обратите внимание!
Поиск по условиям может быть выполнен, в том числе, при отсутствии запроса в поисковой строке.

Условия для поиска можно комбинировать. Для этого в открывшемся окне в любом сочетании можно выбрать условие и указать желаемое значение. Для объединения нескольких условий в один поисковый запрос можно применять логические операторы И или ИЛИ. Если выбрано И, оба условия должны войти в запрос, если ИЛИ – одно из условий.
Нажмите кнопку «Подтвердить».

После выполнения поискового запроса его можно уточнить, выбрав фильтры в открывшемся слева окне.
Дополнительно можно установить следующие параметры поиска в панели «Фильтры»:
● «Тип документа» —- тип публикации (статья в журнале, патент, обзор, клиническое испытание, статья с конференции);
● «Язык» —- выбор языка: русский, английский, немецкий;
● «Год публикации» — год публикации документа.

Обратите внимание!
Если вы уже указали искомые значение для года публикации ранее, при задании условий поиска, то это поле выбора в фильтрах будет недоступно. Для изменения вам необходимо внести корректировки именно в конструктор запроса.

Для удаления всех настроенных параметров нажмите «Очистить все фильтры».
Для применения фильтров нажмите “Применить”.

После применения всех параметров система скорректирует список найденных публикаций.

Для найденной статьи вы можете скопировать ссылку, DOI (уникальный идентификатор публикации) или скрыть статью из результатов поиска, нажав на «» в карточке статьи.
Для отображения полного текста публикации, структур или реакций, которые есть в публикации, нажмите «Читать полностью».
Для просмотра веществ, которые упоминаются в документе нажмите «Структуры», а чтобы открыть реакции нажмите «Реакции».
Кнопки расположены внизу каждой карточки:
Для просмотра полной информации о статье нажмите на нее левой клавишей мыши.
4 Раздел «Молекулярный редактор»










Данный раздел позволяет прогнозировать свойства соединений, которых нет в базе данных Синтелли.

Ввести молекулу можно двумя способами:
  1. Ввести название бренда, название IUPAC, код поставщика или CAS номер в поисковую строку и нажать.

Подсказка:
Вы можете отобразить структуру уже известной молекулы, внести в нее корректировки в соответствии со своим экспериментом и предсказать свойства нового соединения.

2. Ввести SMILES после нажатия на соответствующую кнопку
Подсказка:
➢ Для удаления текстового запроса нажмите на кнопку :
3. Нарисовать структуру в молекулярном редакторе.
Для показа свойств нарисованной молекулы нажмите кнопку
страницы молекулярного редактора.

Отобразится карточка молекулы с ее рассчитанными свойствами:
в правом верхнем углу
Для экспорта структуры молекулы в файл формата .png нажмите «Скачать»
Для экспорта молекулы и всех рассчитанных свойств в файл формата .pdf нажмите «Скачать PDF».
Чтобы вернуться в молекулярный редактор, нажмите кнопку

Подробное описание всех рассчитанных свойств содержится в главе Рассчитываемые свойства молекул.
в правом верхнем углу страницы.
5 Раздел «Датасеты»











Данный раздел предназначен для работы с личными датасетами пользователя, а также с тематическими датасетами, предоставленными командой Синтелли.
Чтобы открыть раздел, в меню слева нажмите «Датасеты», далее выберите вкладку «Тематические» или «Личные».
5.1 Создание датасета












Находясь в разделе “Датасеты”, нажмите кнопку
Далее введите название и описание датасета и нажмите «Создать»:
После создания датасета он появляется в разделе «Датасеты» во вкладке “Личные”.
5.2 Добавление молекул в датасет



Для добавления молекулы в датасет в меню слева выберите раздел «Датасеты» > вкладку «Тематические» или «Личные» и нажмите кнопку
Далее из раскрывающегося списка необходимо выбрать метод загрузки молекулы:
только что, нажмите кнопку «Добавить молекулу» в середине страницы.
вверху страницы или, если датасет был создан
● «SMILES» — после выбора данной опции необходимо ввести SMILES в появившееся поле;
● «Молекулярный редактор» — после выбора данной опции отображается молекулярный редактор, где можно нарисовать требуемую структуру;
● «Загрузить из файла» — после выбора данной опции необходимо нажать кнопку
«Выберите файл» и загрузить файл формата .sdf, .csv, .smi;


Обратите внимание!
Загружаемый файл должен иметь колонку, содержащую SMILES соединений. При загрузке вам будет предложено по названиям колонок вашего файла выбрать нужную колонку.


● «Поиск по синонимам» — после выбора данной опции необходимо ввести синоним (название молекулы) в появившемся поле.

Найденная молекула отображается в окне предпросмотра. Чтобы добавить ее в датасет, нажмите кнопку «Загрузить»: