Синтелли работает со всеми основными форматами химических данных. Это различные линейные представления молекул: SMILES, InChI, ИЮПАК номенклатура, тривиальные названия, а также CAS и идентификаторы в других базах данных. Платформа поддерживает ввод молекул посредством рисования в молекулярном редакторе. Кроме того в Синтелли возможна загрузка данных из файлов SDF, CSV, XLSX. Возможно объединение данных из разных источников в одном проекте.