Протестируйте возможности платформы бесплатно
Превратите сухие датасеты в интерактивную карту. Находите кластеры активности, анализируйте структурное сходство и генерируйте новые патентно-чистые соединения с заданными свойствами в нужной области пространства.
SynMap: Навигация по химическому пространству и AI-дизайн молекул
SynMap решает проблему «слепых зон» в исследованиях. Модуль использует алгоритм t-SNE для визуализации многомерных химических пространств в 2D и 3D. Каждая точка на карте — это молекула; чем ближе они расположены, тем выше их структурное сходство. Это позволяет мгновенно оценивать разнообразие библиотек, находить новые классы веществ и, самое главное, использовать карту как холст для создания новых молекул с помощью AI.
Функциональность
Умная визуализация и кластеризация:
Автоматическое распределение молекул по группам (кластерам). Вы сразу видите, где находятся ваши «хиты», а где — неизведанные области. Поддерживается цветовая разметка (Heatmaps) для быстрого анализа свойств всего массива данных.
Анализ структурного сходства:
Оценка близости соединений (в том числе с использованием логики, близкой к индексу Танимото). Выявление структурных аналогов и биоизостеров внутри загруженных датасетов.
Фильтрация и отбор:
Инструменты выделения позволяют вручную «отрезать» нежелательные соединения или выбрать специфический кластер для дальнейшей работы (например, для проверки путей синтеза в модуле SynRetro).
Генерация De Novo и Оптимизация:
Выделите интересную область на карте и запустите AI-генератор.
- Генерация: Создание принципиально новых структур в свободном пространстве.
- Оптимизация: Улучшение параметров существующих молекул (до 100 шт. за раз).
- Настройки: Управление параметрами QED, LogP, растворимости, токсичности и синтетической сложности (SYBA, SCScore).
Какие задачи помогает решать?
Сравнительный анализ библиотек
R&D отдел накладывает собственные синтезированные соединения на карту базы патентов или известных лекарств. Визуальное сравнение помогает мгновенно понять, насколько уникальны разработки компании, пересекаются ли они с конкурентами и в каких областях химического пространства стоит сосредоточить усилия.
Мультипараметрическая оптимизация
Разработчик имеет на руках «хит-соединение», которое активно, но обладает высокой токсичностью или плохой растворимостью. Используя инструменты оптимизации, он перестраивает структуру молекулы: алгоритм предлагает варианты с улучшенными показателями QED, LogP и безопасности, сохраняя при этом целевой скелет.
Генерация идей De Novo
Медицинский химик обнаруживает интересную, но пустую область на карте рядом с известными активными веществами. Он выделяет эту зону и запускает AI-генератор. Система создает уникальные, патентно-чистые структуры, которые заполняют эту нишу и могут стать новыми кандидатами в лекарства.
Навигация по химическому пространству
Исследователь загружает библиотеку из тысяч соединений и мгновенно видит их распределение на карте, где близкие точки — это структурно похожие молекулы. Это позволяет оценить разнообразие коллекции, выделить перспективные кластеры активности и найти «белые пятна», которые ранее не исследовались.
Видео-обзор модуля
Визуализация датасета и поиск новых идей за 2 минуты
«Понравилась возможность картирования и анализа датасетов с помощью самонастраивающейся карты. Очень удобно видеть все свои структуры „с высоты птичьего полета“»
«Отличные возможности поиска на карте. SynMap помог нам быстро выделить перспективные кластеры и отсеять „мусорные“ соединения еще до этапа докинга»
Отзывы клиентов
Сообщение об успешной отправке!